ช่วงปากคลองสาน-มหาชัย

• สถานีปากคลองสาน กม. -1+190 (ยกเลิกเมื่อ 1 มกราคม พ.ศ. 2504 เนื่องจากมติคณะรัฐมนตรี 24 พฤศจิกายน พ.ศ. 2502 ในรัฐบาลจอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์ ให้ยกเลิกเส้นทางช่วงปากคลองสาน-วงเวียนใหญ่ โดยราดยางมะตอยทับทางรถไฟไว้ใต้พื้นถนน ส่วนตัวอาคารสถานีไม่เหลือสภาพเดิมแล้ว)
• สถานีวงเวียนใหญ่ กม. 0 (เชื่อมต่อสถานีรถไฟฟ้าBTS สายสีลม สถานีวงเวียนใหญ่)
• สถานีตลาดพลู กม. 1+780 (เชื่อมต่อสถานีรถไฟฟ้าBTS สายสีลม สถานีตลาดพลู)
• ป้ายหยุดรถวุฒากาศ ประมาณ กม. 2+450 เป็นป้ายหยุดรถในอนาคต (อยู่ระหว่างการก่อสร้าง กำหนดเปิด พ.ศ. 2563) (เชื่อมต่อสถานีรถไฟฟ้า BTS สายสีลม สถานีวุฒากาศ)
• ที่หยุดรถคลองต้นไทร กม. 3+350 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ป้ายหยุดรถจอมทอง กม. 4+130 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นป้ายหยุดรถไฟสาเหตุ มาจากรถไฟชนกันที่หน้าวัดจอมทอง[7]
• ป้ายหยุดรถวัดไทร กม. 5+760
• สถานีวัดสิงห์ กม. 7+150
• ที่หยุดรถบางบอน กม. 9+760 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ที่หยุดรถการเคหะ กม. 12+230 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ป้ายหยุดรถรางสะแก กม. 12+530
• สถานีรางโพธิ์ กม. 14+250
• ป้ายหยุรถสามแยก กม. 15+830
• ที่หยุดรถพรมแดน กม. 17+290 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ป้ายหยุดรถทุ่งสีทอง กม. 18+760
• ที่หยุดรถบางน้ำจืด กม. 19+970 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ที่หยุดรถคอกควาย กม. 22+990 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ที่หยุดรถบ้านขอม กม. 26+760 เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ป้ายหยุดรถคลองจาก กม. 29+760
• ป้ายหยุดรถนิคมรถไฟมหาชัย กม. 30+xxx เป็นป้ายหยุดรถในอนาคต (อยู่ในระหว่างการก่อสร้าง กำหนดเปิด พ.ศ. 2563)
• สถานีมหาชัย กม. 31.220

ช่วงแม่น้ำท่าจีน-แม่กลอง

• ปลายรางในอดีต (แป้นปะทะยื่นลงไปในแม่น้ำ กม. 0)
• ปลายรางปัจจุบัน กม. 0+194
• ศูนย์กลางอาคารสถานีบ้านแหลมปัจจุบัน กม. 0+180
• หัวจ่ายน้ำมัน กม. 0+100
• ศูนย์กลางอาคารสถานีบ้านแหลมในอดีต กม. 0 (หลัก กม.สูญหายไปแล้ว)
• อดีตสถานีช่องลม กม. 1+020 (ไม่มีร่องรอยเหลือ พบในแผนที่ปี 2495)
• ที่หยุดรถท่าฉลอม กม. 1+240 (โดยประมาณ)
• ป้ายหยุดรถบ้านชีผ้าขาว กม. 3+890
• ป้ายหยุดรถคลองนกเล็ก กม. 5+960 (เปิดเมื่อปี 2539)
• ที่หยุดรถบางสีคต กม. 6+900 (ไม่พบร่องรอยรางหลีกในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518)
• ที่หยุดรถบางกระเจ้า กม. 8+860 (ไม่พบร่องรอยรางหลีกในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518)
• ที่หยุดรถบ้านบ่อ กม. 10+900 (พบร่องรอยรางหลีกในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518) เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถเมื่อวันที่ 1 ม.ค.2520
• ที่หยุดรถบางโทรัด กม. 13+320 (ไม่พบร่องรอยรางหลีกในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518)
• ที่หยุดรถบ้านกาหลง กม. 15+780 (พบร่องรอยรางหลีกในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518) เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถเมื่อวันที่ 1 ม.ค.2520
• ป้ายหยุดรถบ้านนาขวาง กม. 17+940 (ไม่เคยเป็นสถานี)
• ที่หยุดรถบ้านนาโคก กม. 19+970 (พบร่องรอยรางหลีกในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518) เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ป้ายหยุดรถเขตเมือง กม. 23+730
• ป้ายหยุดรถลาดใหญ่ กม. 27+660 (พบร่องรอยรางหลีกในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518) เคยเป็นสถานี ยุบเป็นที่หยุดรถ
• ที่หยุดรถบางกระบูน กม.30+160 (ไม่เคยเป็นสถานี พบร่องรอยที่พักผู้โดยสารในภาพถ่ายทางอากาศปี 2518 ปัจจุบันมองไม่เห็นในภาพถ่ายดาวเทียมปี 2549)
• สถานีแม่กลอง กม. 33+750
• ปลายรางตันจรดริมแม่น้ำแม่กลอง กม. 33+855[8]